Las heteroproteínas presentan parte proteica y parte no proteica. Todas son globulares, y se clasifican en función del grupo prostético.
Fosfoproteínas.
Presentan ácido fosfórico y son de carácter ácido. Enzimas. (caseína alfa, beta y gamma).
Glucoproteínas.
Glúcido unido covalentemente a la proteína. Desempeñan funciones enzimáticas, hormonales, de coagulación etc. Destacan las inmunoglobulinas.
Lipoproteínas.
Lípido más proteína. Abundan en las membranas mitocondriales, en el suero. Por ejemplo los quilomicrones.
Nucleoproteínas.
ADN más proteína. Hay dos tipos, los que presentan ácido ribonucleico (ribosomas) o ADN (cromosomas).
Cromoproteínas.
Se caracterizan porque la fracción no proteica presenta coloración debido a la presencia de metales.
Destacan los pigmentos respiratorios (hemoglobina), almacenes de oxígeno (mioglobina), proteínas que intervienen en la transferencia de electrones (citocromos, flavoproteínas), pigmentos visuales (rodopsina, iodopsina).