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Z-curva



Un método Z-curva (o Z curva) es un algoritmo bioinformático para análisis de secuencias de genomas. Una Z-curva es una curva tridimensional que constituye una representación exclusiva (biyectiva) de una secuencia de ADN: para la Z-curva y la secuencia dada de ADN que representa, cada una sólo puede ser reconstruída exclusivamente desde la otra.[1] La curva resultante tiene forma de zig-zag, y de ahí su nombre. Este método ha sido utilizado en diferentes áreas de la investigación genómica, como la identificación de orígenes de replicacion,[2] predicción de genes ab initio,[3] identificación isocórica (largas regiones de ADN, mayores de 3 KB, homogéneas en contenido GC),[4] identificación de islas genómicas,[5] y genómica comparativa.[6]

Referencias

  1. ↑ Zhang CT, Zhang R, Ou HY (2003). "The Z curve database: a graphic representation of genome sequences". Bioinformatics 19 (5): 593-99. Consultado el 2007-01-26.
  2. ↑ Zhang R, Zhang CT (2005). "Identification of replication origins in archaeal genomes based on the Z-curve method". Archaea 1 (5): 335-46. Consultado el 2007-01-26.
  3. ↑ Guo FB, Ou HY, Zhang CT (2003). "ZCURVE: a new system for recognizing protein-coding genes in bacterial and archaeal genomes". Nucleic Acids Research 31: 1780-89. Consultado el 2007-01-26.
  4. ↑ Zhang CT, Zhang R (2004). "Isochore structures in the mouse genome". Genomics 83 (3): 384-94. Consultado el 2007-01-26.
  5. ↑ Zhang R, Zhang CT (2004). "A systematic method to identify genomic islands and its applications in analyzing the genomes of Corynebacterium glutamicum and Vibrio vulnificus CMCP6 chromosome I". Bioinformatics 20 (5): 612-22. Consultado el 2007-01-26.
  6. ↑ Zhang R, Zhang CT (2003). "Identification of genomic islands in the genome of Bacillus cereus by comparative analysis with Bacillus anthracis". Physiological Genomics 16: 19-23. Consultado el 2007-01-26.

Enlaces externos

  • The Z curve database
 
Este articulo se basa en el articulo Z-curva publicado en la enciclopedia libre de Wikipedia. El contenido está disponible bajo los términos de la Licencia de GNU Free Documentation License. Véase también en Wikipedia para obtener una lista de autores.
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