Sonda molecular

Una sonda es un fragmento de ADN (o raramente ARN) de pequeño tamaño (normalmente entre 100 y 1000 bases) usado en biología molecular como herramienta para detectar la presencia de ADN o ARN de secuencia complementaria parecida o igual.

En su uso, la sonda se une a la secuencia diana monocatenaria (ADN_1c ó ARN) mediante un mecanismo de hibridación que forma una estructura bicatenaria, una de las hebras pertenece a la sonda, y la otra a la secuencia diana. Esta unión se establece porque tanto la sonda como la diana tienen secuencias en parte o totalmente complementarias, formándose pares de bases complementarias.

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Marcaje

Para visualizar las moléculas diana se utiliza una sonda marcada, bien radiactivamente, bien mediante marcaje inmunológico. Para el uso de ADN de doble cadena primeramente es necesario desnaturalizarlo mediante calor o en condiciones de alta alcalinidad. Esta sonda de cadena simple marcada se une a la diana; y los lugares de unión se detectan porque los métodos de marcaje dejan una señal detectable mediante fotografía. En los métodos más avanzados se utilizan marcajes mediante flororescencia que emiten señales detectadas mediante láser, como el utilizado en la PCR a tiempo real.

Radiactividad

Se puede marcar radiactivamente la sonda utilizado nucleótidos que tengan alguno de sus átomos con un isótopo radiactivo, normalmente ³²P, pero también es frecuente el uso de tritio.

Inmunológico

Aunque el marcaje radiactivo es muy sensible, conlleva el peligo asociado a la utilización de radiactividad. Para evitar este peligro se desarrollaron otros métodos de marcaje basados en anticuerpos. Las sondas se marcan utilizando nucleótidos que llevan unida una molécula (digoxigenina), a la solución se le añaden anticuerpos específicos que se unen a esa molécula; y estos anticuerpos llevan asociado un compuesto luminiscente o fluorescente (Como el CDP-Star) que deja impronta fotográfica.

Southern y northern

Independientemente de la naturaleza de la sonda utilizada (ADN ó ARN), las hibridaciones efectuadas sobre ácidos nucleicos inmovilizados en membranas o in situ, serán de tipo Southern cuando se use ADN como diana a detectar y de tipo northern cuando la diana a detectar sea mayoritariamente de ARN.